同济医院儿童感染消化科（前身为1985年设立的儿科感染消化专业组，2012年独立成科），在学科带头人舒赛男教授（中华医学会儿科学分会第18届感染学组组长及第19届消化学组副组长、中华预防医学会微生态学分会委员）的带领下，已成为国内儿童感染性疾病与消化系统疾病诊疗的标杆单位，是卫生部小儿消化的临床重点专科，牵头制定《益生菌儿科临床应用循证指南（2023）》、《婴儿胆汁淤积症诊断与治疗专家共识》、《巨细胞病毒感染诊治共识》等行业标准。

科室以儿童复杂感染性疾病和儿童肝病的精准诊疗、肠道微生态创新应用为核心方向，聚焦巨细胞病毒/EB病毒感染、儿童肝病综合诊疗体系、难治性肠道菌群紊乱、炎症性肠病及胃肠动力障碍等特色领域，开创三大核心技术：

复杂感染精准诊疗：全国首创“尿/乳汁巨细胞病毒快速培养技术”（全国唯一），建立细菌/病毒/真菌/罕见病原多平台联合检测；
肝病综合管理：开展婴儿胆汁淤积性肝病多学科诊疗，推行肝穿刺活检、基因优选诊断及靶向精准治疗；
微生态诊疗创新：国内儿童粪菌移植（FMT）先行者，治疗自闭症、炎症性肠病、难治性过敏等，构建内镜评估-菌群分析-精准干预体系。

科室下设儿童感染病房、消化病房、消化内镜中心和临床病毒研究室，配备胃肠动力检测系统、生物样本库及在建的国内首个儿童粪菌库，形成“基础研究-技术创新-临床转化”一体化平台。主持国家自然科学基金7项，近年发表论文200余篇，主导6项全国多中心临床研究。

团队现有医护技骨干64人，其中高级职称9人、博导3人，100%医师拥有硕博学位，承担八年制临床医学教学及国家级继续教育项目，培养硕博人才46名。作为中华医学会儿科学分会感染/消化学组组长副组长单位，举办各种学术会议及培训，推广“同济经验”，为儿童感染消化疾病防治提供创新范式。

从攻克巨细胞病毒先天感染到突破儿童粪菌移植禁区，同济医院儿童感染消化科始终以“疑难重症攻坚”和“诊疗标准革新”为使命，持续输出儿科感染微生态领域的“中国方案”。